Большая группа сотрудников ОЭФВЭ участвует в проведении эксперимента ZEUS в  ускорительном центре DESY, Гамбург, Германия. Здесь в 1984–1991 гг. был построен первый в мире электрон-протонный коллайдер HERA, сталкивающий электроны или позитроны с протонами при энергии в с.ц.м. 318 ГэВ. Для изучения этих взаимодействий созданы два больших многоцелевых детектора, H1 и ZEUS. Многие сотрудники отдела участвуют в эксперименте ZEUS с начала его работы, а в 1993 г. НИИЯФ МГУ стал официальным членом коллаборации ZEUS, в которую входят 50 институтов и университетов из 15 стран Европы, Азии и Америки.

 Сотрудники ОЭФВЭ участвовали в построении адрон-электронного сепаратора (HES) детектора ZEUS. Адрон-электронный сепаратор, состоящий из более 10 тысяч кремниевых детекторов и современной микроэлектроники, позволил значительно улучшить чистоту отбора и точность измерения электронов и фотонов. После завершения построения адрон-электронного сепаратора, научные сотрудники и инженеры НИИЯФ МГУ проводили модернизацию, текущий ремонт, калибровку, контроль данных и подготовку программного обеспечения этого прибора. Данные HES активно используются для изучения глубоко-неупругого рассеяния (ГНР) электронов и позитронов.
Сотрудники ОЭФВЭ также активно участвовали в развитии триггерных систем, системы сбора и первичной обработки данных, изучении трековой и калориметрической системы детектора ZEUS.

В течение первого этапа рабоы коллайдера HERA (1992-2000 г.г.) коллаборацией ZEUS были набраны данные соответсвующие интегральной светимости более 120 обратных пикобарн. Новые экспериментальные возможности появились в результате модернизации коллайдера HERA и детектора ZEUS, завершённой в 2002 г. Возросшая в несколько раз светимость коллайдера увеличила темпы набора статистики, что позволило проводить измерения с более высокой точностью и большей чувствительностью к процессам с малыми сечениями. Трековая система детектора ZEUS была значительно усовершенствована путём установки двух новых трековых компонент: трубчатого трекового (STT) и прецизионного микро-вершинного (MVD) детекторов, которые позволили более эффективно отделять сигналы от фона и восстанавливать характеристики взаимодействий с лучшим разрещением, чем в предыдущих сеансах измерений. Новый сбор данных продлился до середины 2007 г., последующий анализ данных займёт ещё несколько лет.

На коллайдере HERA получены следующие фундаментальные результаты:

• открыт быстрый рост структурной функции протона F₂ с уменьшением Бьёркеновской переменной x, связанный с ростом плотности глюонов в протоне;
• наблюдены жёсткие дифракционные процессы в ГНР;
• подтверждено отсутствие структуры партонов в протоне вплоть до расстояний 10⁻¹⁸ м.

На коллайдере HERA были также проведены исследования структуры фотона в процессах на разрешённом фотоне. Был установлен быстрый рост полного сечения фоторождения чарма (c-кварков) с ростом энергии взаимодействия, проведено прецизионное измерение дифференциальных сечений рождения D-мезонов и обнаружен значительный вклад в рождение чарма процессов на разрешённом фотоне. Поиски лепто-кварков, возбуждённых лептонов, а также исследования электрослабых взаимодействий не выявили проявлений новой физики за пределами стандартной модели.

 Сотрудники ОЭФВЭ активно участвуют в анализе данных и подготовке физических результатов. Они выступают с докладами на международных конференциях и внесли решающий вклад в подготовку более 20 коллаборационных публикаций. Особенно значительны достижения сотрудников отдела в изучении структуры протона, дифракционного рождения векторных мезонов и рождения тяжёлых кварков. По материалам проведённых исследований было подготовлено несколько кандидатских и одна докторская диссертация.

 Все результаты коллаборации ZEUS